A far ricostruire l’Abbazia di San Pietro in Valle nel X secolo fu l’imperatore Ottone III.
Figlio di Ottone II e della principessa bizantina Teofano, Ottone III divenne re d’Italia a soli tre anni, a causa della prematura morte del padre, e ben presto fu rapito dal cugino (e padre del futuro imperatore Enrico II il santo) Enrico il litigioso di Baviera, ma Ottone potè tornare dalla madre e reggente grazie all’intervento di importanti personaggi ecclesiastici come Gerberto d’Aurillac, abate di Bobbio e futuro papa Silvestro II, gli arcivescovi di Reims, Adalberto, e Magonza, Willigis, e San Nilo di Grottaferrata. Crescendo con una madre bizantina ed educato da ecclesiastici di grande cultura Ottone divenne un estimatore dell’Italia e dell’antica Roma, fu così che volle iniziare una politica cosiddetta di “renovatio imperii”, impose come lingue ufficiali dell’impero il greco ed il latino e quando il Papa Giovanni XV venne scacciato da Roma a causa di conflitti con la famiglia Crescenzi e dovette riparare a Sutri, Ottone III, chiamato in soccorso, accorse, nel 996, in aiuto del Papa, alla volta di Roma.
Nel percorso per Roma Ottone si fece incoronare Imperatore a Monza, quindi diede disposizioni che venissero ricostruite le più importanti fra le abbazie che erano state abbandonate in seguito a scorribande dei saraceni di Sicilia, che avevano ormai abbandonato l’Italia centrale grazie alla guerra portata loro dal padre di Ottone III, Ottone II, fra cui l’Abbazia di San Pietro in Valle.
Fra le invasioni degli Slavi, il desiderio di pellegrinaggi e le continue ribellioni della famiglia Crescenzi a Roma Ottone III visse anni tumultuosi e fu costretto a molti rapidi spostamenti, riuscì comunque a far eleggere al soglio pontificio prima Gregorio V, suo parente, quindi Silvestro II, al secolo Gerberto d’Aurillac, suo precettore. Nel 1002, a soli 22 anni, Ottone morì, nei pressi di Viterbo, ancora si discute se per cause naturali o in seguito ad avvelenamento da parte di qualche appartenente alla famiglia Crescenzi. Il suo successore fu il cugino, Enrico II il Santo, il quale non condivise l’interesse per Roma e l’Italia e si occupò soprattutto del consolidamento della parte germanica dell’impero, ma ebbe un animo ancora più religioso e fu ancora più attento alle vicende ecclesiastiche ed alla sorte di abbazie e chiese, quindi, sotto la guida dell’abate Riutprando, l’Abbazia di San Pietro in Valle venne costantemente ingrandita ed abbellita (come molti altri luoghi sacri), senza che l’imperatore facesse mai mancare i fondi necessari.
