Dopo la caduta dei Guidoni il ducato di Spoleto per lunghi anni fu controllato da signori feudali, spesso i signori del marchesato di Toscana o di quello eporediense, e questo diede modo ai comuni di svilupparsi come nell’Italia settentrionale.
Quando Federico I Barbarossa indossò la corona imperiale fu molto contrariato per questi eventi e venne in Italia con il suo esercito per porre fine alle crescenti autonomie locali che erodevano il suo potere. Tutti conosciamo le vicende della guerra contro la Lega Lombarda e la sconfitta del Barbarossa, che dovette accettare la presenza di comuni forti ed autonomi nella pianura padana.
A Spoleto le cose andarono diversamente, nel 1155 il Barbarossa ebbe ragione delle difese spoletine ed entrò nella capitale del ducato. Dopo aver distrutto le mura Federico I nominò duca di Spoleto il suo generale Guarnieri, poi duca di Spoleto e marchese di Toscana Guelfo VI, un nobile tedesco della famiglia rivale per eccellenza di quella Sveva (dai nomi della famiglia di Guelfo e dal castello in cui amava soggiornare Federico derivano i nomi dei Guelfi e dei Ghibellini), con cui era appena stato concluso un accordo, e poi una delle personalità a lui più vicine, Corrado di Urslingen.
Infine una prima volta, nel 1198, il ducato di Spoleto venne ceduto al Papa, ad opera del debole imperatore Ottone di Brunswik, vicino alla parte guelfa, cessione che, dopo alcune vicissitudini, divenne definitiva nel 1230 con la pace di San Germano fra Federico II, il Papa Gregorio IX ed i suoi alleati, fra cui la Lega Lombarda.
Se Spoleto perse la sua autonomia, per il ducato fu un periodo prospero, in quanto l’imperatore, per affermare la propria grandezza, effettuò molti investimenti e rese il ducato un importante centro commerciale. Sotto il ducato di Corrado la residenza del Duca era situata ad Assisi e, per un certo periodo, crebbero a brevissima distanza il giovane Federico II, in quanto Corrado fu fra i protettori della madre Costanza D’Altavilla, ed il più anziano Giovanni di Pietro Bernardone, il futuro San Francesco, anche se il giovanissimo Federico visse principalmente a Foligno, sempre nel ducato di Spoleto.
Questo periodo, in cui il ducato di Spoleto fu assegnato a personaggi molto vicini alla casata degli Svevi, e poi passò al Papa, fu uno dei periodi più floridi per l’Abbazia di San Pietro in Valle. In questo periodo infatti l’Abbazia venne considerata uno dei più importanti centri di culto dell’Italia centrale e le furono destinati ingenti fondi, infatti, fra le varie opere, vennero realizzati l’imponente chiostro romanico e venne dipinto il celeberrimo ciclo di affreschi della navata, rappresentante le storie dell’antico e del nuovo testamento, che rappresentano una delle più importanti realizzazioni della pittura romanica.
Se tali opere vennero realizzate in un momento in cui il ducato era controllato dall’imperatore o dal Papa non è dato conoscerlo con certezza, resta però la loro magnificenza a testimoniare l’importanza dell’Abbazia in quegli anni turbolenti.
