L'Abbazia fu edificata nell'VIII sec. da Faroaldo II duca di Spoleto, il quale si fece monaco, morì e fu sepolto nella Chiesa abbaziale che da allora divenne il Mausoleo dei duchi longobardi.

Passata sotto la proprietà del Comune di Spoleto, e semidistrutta dai Saraceni, l'Abbazia venne riedificata tra il X e XI sec. Essa ebbe un esteso patrimonio territoriale ed una grande influenza sulla vita del territorio ad essa assogettato fino agli inizi del XIV sec., quando fu affidata al Capitolo Lateranense.

Successivamente fu curata dalla famiglia Cybo e ancora dopo dalla famiglia Ancajani che ne furono abati e curatori dei restauri.

Nel 1890 Decio Ancajani riscattò l'Abbazia che passò quindi in mano private.

Nel 1917 l'ultima discendente degli Ancajani cedette la Chiesa al parroco di Ferentillo e vendette il convento ad Ermete Costanzi. La fam. Costanzi è l'attuale proprietaria e ha curato la recente ristrutturazione terminata nel 1998.

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